Sept ans après que le monde soit devenu une vaste étendue glacée, les survivants ont trouvé refuge dans un train en perpétuel mouvement. Composé de 1001 wagons, l'engin fait le tour du globe à toute vitesse. A bord, la guerre des classes, l’injustice sociale et la politique interne sèment le trouble.
Maintenant que la Belle Alice domine le destin du Transperceneige, Layton imagine une riposte. À bord de la Belle Alice, Melanie affronte M. Wilford et retrouve sa fille.