Sept ans après que le monde soit devenu une vaste étendue glacée, les survivants ont trouvé refuge dans un train en perpétuel mouvement. Composé de 1001 wagons, l'engin fait le tour du globe à toute vitesse. A bord, la guerre des classes, l’injustice sociale et la politique interne sèment le trouble.
Alors que Layton a de moins en moins de partisans à bord du Transperceneige, une panne de loco va l'obliger à faire appel à la personne en qui il a le moins confiance.