Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder est informé par Gorge Profonde sur une opération de couverture du gouvernement pour dissimuler un crash Ovni. Parvenu sur le site, il rencontre un mordu d'ufologie dont la présence ne peut pas être fortuite : les militaires s'apprêtent à établir le contact avec une autre forme de vie. Confronté à l'armée, Mulder voit sa position au sein du FBI mise en péril...