Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully enquêtent sur deux meurtres identiques situés à des milliers de kilomètres de distance. Le plus étrange est que les petites filles des deux hommes qui n'ont pourtant aucun lien de parenté, se ressemblent comme des sœurs jumelles.