Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Une ancienne petite amie de Mulder, qui travaille désormais à Scotland Yard, fait appel à ses services pour protéger un membre du Parlement Britannique en visite officielle aux Etats-Unis. Situation que n'apprécie guère Scully, en proie à des signes évidents de jalousie. Mulder devra surmonter sa peur du feu pour traquer un tueur en série dotés de pouvoirs de pyrokinésie...