Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Alors qu'elle vient de perdre son père et de jeter ses cendres à la mer, Scully enquête sur la disparition d'un couple, apparemment kidnappé par un serial killer déjà connu du FBI. Elle suit la piste d'un condamné à mort, Luther Lee Boggs, qui se dit extralucide et lui propose de l'aider contre une remise de peine. Face à l'incrédulité de Mulder, Scully reste seule à croire que cet homme peut les aider à retrouver la trace du couple disparu...