Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Une femme et un homme qui se sont rencontrés dans une discothèque passent la nuit ensemble. Soudain, l'homme se met à suffoquer et meurt sous les yeux de la jeune femme qui se transforme en homme...