Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder est appelé d'urgence dans une bijouterie où vient de se dérouler un cambriolage. Le braqueur a en effet laissé sur les lieux de son forfait une lettre à l'intention de l'agent spécial. Ce dernier semble particulièrement troublé : le style et le graphisme de l'écriture ressemblent à s'y méprendre à ceux de John Barnett, un voyou que Mulder avait arrêté voilà un peu plus de cinq ans...