Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Jim Parker et son fils Lyle élèvent du bétail dans un ranch isolé du Montana. Ils sont attaqués par une créature féroce qui semble être un loup. Dans l'obscurité et sous un violent orage, Jim dégaine et le tue. Lorsqu'il examine le corps, il se rend compte qu'il s'agit de Joseph Goodensnake, un Indien. Mulder convainc Scully de l'aider à enquêter sur ce qui ne lui semble pas, à priori, être un phénomène surnaturel, mais plutôt un tragique accident...