Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Fox Mulder et Dana Scully quittent leurs confortables bureaux du FBI pour aller respirer le grand air : les deux agents s'intéressent à l'étrange disparition d'un groupe de trente bûcherons aguerris qui travaillaient en plein cœur d'une forêt de l'Etat de Washington, au nord ouest des Etats-Unis. Sur place, Fox et Dana sont accueillis par Freddy, de la police locale, et Steve, un responsable de la compagnie qui employait les bûcherons. Tous quatre s'enfoncent au cœur de la forêt, à la recherche des disparus...