Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
L'inspecteur de police Sharon Lazard, recueille une fillette perdue prénommée Michelle et la confie au détective Barbala pour l'interroger. Peu de temps après, Barbala est projeté contre la fenêtre avec violence et s'écrase plusieurs mètres plus bas. Persuadé qu'il ne s'est pas suicidé et qu'il était seul avec Michelle à ce moment, Lazard contacte Mulder et Scully...