Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un terrible drame vient de se produire à l'institut technologique de Washington : le professeur Surnow, qui travaillait à l'élaboration d'un nouveau type de moteur à réaction, a été enfermé dans la soufflerie lors d'un essai nocturne. Le malheureux a été happé par la machine. Six mois plus tôt, un autre scientifique du centre avait trouvé la mort dans d'étranges circonstances...