Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Pourtant blessé par une balle, un fugitif sème la police qui le poursuit en disparaissant dans un lac. En dépit de plusieurs heures de recherches, son corps n'est mystérieusement pas retrouvé. En commençant l'enquête, Mulder découvre que la voiture du fugitif a été subrepticement remplacée par une autre, et remonte la piste jusqu'à un dénommé Dr Berube, qui se montre peu coopérant...