Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un meurtre atroce commis dans un lieu sans aucune voie d'accès ressemble à des affaires non-classées datant de 1933 et 1963. Mulder et Scully tentent de traquer et d'arrêter ce tueur en série centenaire...