Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Une mère de famille de Sioux City prétend que sa fille, Ruby, 17 ans, a été enlevée en pleine nuit par des extra-terrestres. L'affaire intéresse particulièrement Mulder, car dans sa jeunesse, sa sœur Samantha a disparu dans les mêmes conditions.