Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Malgré la volonté évidente de la police d'Atlantic City d'étouffer la découverte d'un corps humain cannibalisé dans le Parc National du New Jersey, Mulder poursuit son enquête sur ce qu'il pense être un maillon manquant dans l'évolution de l'espèce humaine. Pendant ce temps, Scully qui assiste à l'anniversaire de son filleul, se pose des questions sur l'orientation de sa vie...