Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Quand deux cadavres sont découverts en Philadelphie, Mulder et Scully sont chargés de l'enquête. La piste les mène vers une secrétaire en deuil de son employeur qui vient de mettre fin à sa vie, apparemment protégée par une mystérieuse force surnaturelle...