Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Suite à l'électrocution du patron d'une compagnie d'informatique, un ancien coéquipier de Mulder lui demande de l'aider sur l'affaire. Grâce aux informations de Gorge Profonde, Mulder et Scully doivent arrêter le meurtrier, tout en luttant conte le Ministère de la Défense et... l'immeuble lui-même.