Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Quand la dernière émission radio d'une mission de recherche en Arctique dit « On n'est pas ce qu'on a l'air d'être... », Mulder et Scully sont envoyés dans l'équipe d'investigation sur le site en Alaska. A leur arrivée, ils découvrent la présence d'un parasite inconnu qui s'en prend désormais à eux.