Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Alors que Mulder s'interroge sur le sens qu'il veut donner à sa vie, un nouveau dossier se présente. Deux témoins affirment avoir vu une créature étrange attaquer violemment un garde-chasse dans les bois. Les autorités locales trouvent trois autres victimes à proximité, dont les corps sont mutilés de la même manière. Parallèlement, Scully doit se rendre en urgence au chevet de sa mère malade.