Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder enquête sur le cas de Gary Kane, un adolescent disparu qui a été retrouvé par la police, errant en sous-vêtements dans un bois. Il ne semble avoir subi aucune violence, mais une phrase étrange a été écrite sur son dos. Sur les conseils du shérif, Mulder rend visite à la communauté du Musée rouge, dont le leader intervient auprès de ses fidèles au moyen d'un ordinateur...