Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Depuis qu'elle est enceinte, B.J Morrow affirme avoir des visions effrayantes. Dernièrement, elle a vu un homme ensevelir un corps et a été capable de localiser exactement le lieu où le retrouver. Grâce aux empreintes dentaires du cadavre, Mulder et Scully réussissent à identifier le corps comme étant celui d'un ancien agent du FBI, Sam Chaney, disparu avec son coéquipier dans les années 40. Intrigués par les dons de B.J., Mulder et Scully partent enquêter sur place...