Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un camp de réfugiés haïtiens est le théâtre d'accidents mystérieux : deux Marines ont été retrouvés morts. La thèse du suicide est avancée et le cas a été bouclé, mais la veuve de Robin McAlpin croit à une autre version. Le vaudou pourrait avoir un lien avec la mort des marines, depuis que Beauvais, un révolutionnaire détenu en cellule d'isolation, a menacé de voler les âmes de tous les marines à moins que son peuple ne soit libéré...