Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un vaisseau spatial, qui selon les médias est un avion russe, tombe dans l'océan arctique. Une équipe de chercheurs qui travaillait non loin du site vient à l'aide du pilote, mais celui-ci a disparu. Ce chasseur de prime commence à tuer des médecins qui ont en commun de pratiquer l'avortement, en déguisant son crime sous l'incendie de la clinique où ils exercent. L'enquête de Mulder patine lorsqu'il apprend que les corps des victimes ne sont jamais retrouvés...