Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder a retrouvé sa sœur, kidnappée par des extraterrestres dans son enfance. Le chasseur de primes la recherche et piège Scully dans sa chambre d'hôtel en prenant l'apparence de Mulder. Il aurait pour mission de mettre fin à une colonie d'extraterrestres installée sur terre depuis 1940, en éliminant tous les clones qu'ils ont créés, dont Samantha est un des modèles originaux...
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