Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Une puissante force invisible sème la terreur dans une petite ville de l'Idaho. L'affaire se complique lorsque certains animaux du zoo disparaissent de leur cage en se dématérialisant, peu avant les meurtres. Mulder et Scully doivent de plus démêler les témoignages et accusations des employés du zoo qui ont tous leur idée du coupable...