Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Le lieutenant Harper est l'unique rescapé du naufrage d'un bateau de la Marine, qui a mystérieusement sombré au fond des eaux de l'atlantique nord. A l'hôpital, Scully se rend compte que le jeune homme de 28 ans a en réalité l'apparence d'un vieillard. Mulder, qui lie l'affaire à un projet militaire secret lancé pendant la seconde guerre mondiale, a déjà un semblant de réponse à la question et part à la recherche de l'épave du USS Ardent...