Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
À bord d'un cargo russe, un organisme à forme humaine s'est installé dans le réservoir des eaux usées. Devant la désolante banalité de ses nouvelles missions, Mulder envisage de quitter définitivement le FBI. Scully pratique l'autopsie d'un membre de l'équipage du cargo et découvre une sorte de vers installé dans le cadavre. Une suite de cas similaires conduit les deux agents à enquêter sur cette mystérieuse créature vivant dans les égouts...