Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Après la mort d'un enfant de deux ans, Mulder part sur les traces d'un esprit frappeur qu'une photo de l'accident a révélé. En enquêtant auprès de la famille, Mulder et Scully font la connaissance de Golda, la gouvernante roumaine des enfants. Elle accuse Charlie, 8 ans, d'être responsable de la mort de son petit frère et organise chez elle des cérémonies religieuses afin de repousser le diable, avec un groupe d'hommes appelés Calusaris...