Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un virus inconnu a causé la mort de deux détenus dans un pénitencier fédéral. Une quinzaine de prisonniers semblent eux aussi contaminés par ce mal inexplicable. Le FBI est saisi de l'affaire lorsque deux prisonniers réputés dangereux profitent de la situation pour se faire la belle...