Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder est entré en possession d'une disquette codée en Navajo, contenant l'intégralité des dossiers secrets du ministère de la Défense. Mais son père, qui a travaillé pour le ministère et dont le nom apparaît dans les dossiers, apprend qu'il est en possession de cette disquette et lui demande de lui rendre visite. Avant qu'il ne puisse lui avouer la vérité, Alex Krycek le tue d'une balle et s'enfuit...