Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
C'est la stupeur à Baltimore : un citoyen jusque là respectable vient d'éliminer les dix personnes qui se trouvaient avec lui dans un ascenseur. L'agresseur a été lui-même rattrapé par un vigile alors qu'il tentait de s'enfuir. Quelques jours plus tard, c'est un garagiste de la ville qui est retrouvé sans vie. Sa dernière cliente, Mme McRoberts, est aussitôt soupçonnée par Mulder, qui a été chargé de l'enquête...