Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Paul Grissom, un médecin spécialisé dans les troubles du sommeil, est victime d'une crise cardiaque foudroyante. Avant de décéder, le défunt a appelé les pompiers pour signaler un incendie à son domicile. Mais la police ne trouve aucune trace de feu sur les lieux du drame. Intrigué par l'affaire, Mulder demande à son supérieur, Skinner, d'être chargé du dossier...