Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Duane Barry, un ancien agent du FBI, prend en otage son psychologue et trois autres personnes dans une agence de voyages. En échange de leur libération, il demande à être conduit sur le site où il dit avoir été enlevé par des extraterrestres. L'intérêt que leur porte Mulder rapproche les deux hommes et l'aide à gagner peu à peu la confiance de Barry, mais Scully qui le connaît bien met rapidement Mulder en garde contre sa mythomanie et ses hallucinations...