Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Plusieurs semaines se sont écoulées depuis la mystérieuse disparition de l'agent Dana Scully. Une dernière fois, Fox Mulder fouille le bureau de sa collègue, à la recherche d'un éventuel indice. L'agent du FBI, spécialiste des sciences occultes et des phénomènes inexpliqués, s'apprête à partir pour Los Angeles, où on l'attend pour élucider une série de meurtres...