Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Pasadena, Californie. L'Institut d'Observation Volcanologique capte un message sur une fréquence d'urgence, lancé par une équipe de chercheurs partis explorer l'intérieur d'un volcan, au moyen d'un robot ultra-perfectionné : le "Firewalker". Une liaison vidéo avec le camp de base permet de découvrir le sol du cratère, puis le corps du chef de l'expédition, un sismologue de renom...