Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder a disparu avec la disquette contenant les dossiers secrets du ministère de la Défense. Scully part à sa recherche et pense même à démissionner du FBI, lorsqu'elle découvre qu'on lui a implanté une puce électronique dans le cou. Mulder est en fait retrouvé dans le désert du Nouveau Mexique et secouru par un groupe d'Indiens Navajo qui pratiquent sur lui un long rituel de guérison et lui font reprendre conscience...
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