Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Appelé pour exterminer une colonie de cafards, le Dr Bugger meurt comme asphyxié avant qu'un flot de ces insectes ne vienne engloutir son corps. Malgré les explications rationnelles de Scully, Mulder ne peut s'empêcher d'enquêter et découvre plus tard qu'un jeune homme s'est mutilé avec une lame de rasoir, convaincu que des cafards étaient entrés dans son corps...