Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un tueur en série est incarcéré après le meurtre d'un modèle qui posait devant un groupe d'étudiants en arts. Clamant son innocence, celui-ci dit avoir été possédé par une force négative qui l'a poussé à tuer. Mulder retrouve sur l'enquête un de ses anciens professeurs, l'agent Patterson. Celui-ci avait une devise qu'il enseignait autrefois : pour traquer un monstre, il faut en devenir un soi-même...