Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un bateau de sauvetage français recherche la carcasse d'un avion de la Seconde Guerre mondiale tombé dans le Pacifique. Gauthier, un plongeur envoyé en éclaireur, y découvre le pilote encore vivant, une membrane noire lui recouvrant les yeux. Croyant être victime d'hallucinations, il remonte à la surface... Mulder part pour Hong Kong afin de retrouver le commanditaire des recherches de l'épave et y rencontre Alex Krycek...