Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder poursuit Krycek pour récupérer la disquette contenant les dossiers secrets du ministère de la Défense, volée à Skinner. Lors de rencontres avec ses indicateurs, il commence à en apprendre plus sur la présence possible d'un extraterrestre au fond de l'océan, qui utiliserait le diesel pour passer d'un corps à un autre. Quant à Scully, elle est sur le point de découvrir l'assassin de sa sœur grâce au témoignage de Skinner...