Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully sont appelés à retrouver un tueur en cavale. Ce dernier est capable de projeter sa propre volonté sur les gens qui l'entourent et de les forcer à faire ce qu'il désire. Face à la difficulté de le garder en observation dans les locaux du FBI, Pusher réussit à s'enfuir de nouveau. A sa poursuite, Mulder va malheureusement faire l'expérience de sa puissante force mentale...