Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Suite à la disparition de deux personnes associées à un artefact sacré, Mulder et Scully enquêtent sur ce qui ressemble à une malédiction causée par la découverte des restes d'une femme shaman. Leur principal suspect est l'un des membres de l'expédition s'adonnant à des hallucinogènes rituels...