Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Le lac Heuvelmans attire de nombreux touristes car il est connu pour héberger un monstre légendaire, similaire à celui du Loch Ness. Mais lorsque celui-ci devient le théâtre de plusieurs disparitions et attaques en une semaine, Mulder et Scully viennent étudier l'affaire. Comme toujours Scully propose des explications rationnelles aux accidents, mais Mulder commence à croire sérieusement à la présence d'une créature dans le lac...