Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder est contacté par un nouvel informateur inconnu qui le met sur la piste de plusieurs meurtres dont les auteurs sont victimes d'hallucinations. Dans l'appartement de l'un d'entre eux, interné en hôpital psychiatrique, les agents trouvent des cassettes vidéo sur lesquelles les informations télévisées ont été enregistrées. Alors que Scully est elle-même victime d'hallucinations après les avoir visionnées, Mulder pense que des sortes de messages subliminaux pourraient être à l'origine des meurtres...