Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Dans un fast-food, un homme étrange guérit miraculeusement, par imposition des mains, les blessures des victimes. Lorsque la police arrive sur les lieux, il a disparu et aucun ne peut décrire l'incident de façon cohérente. Analysant plan sur plan la vidéo de la fusillade, Mulder et Scully voient l'homme étrange prendre l'apparence d'une autre personne. Mulder décide de le retrouver pour qu'il guérisse sa mère, hospitalisée dans un état critique, à la suite d'une altercation avec l'homme à la cigarette...