Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un tueur en série décime des voyants malhonnêtes et sort leurs tripes de manière à y lire l'avenir. Appelés sur l'enquête, Mulder et Scully rencontrent Clyde Bruckman, un homme qui a découvert un des corps et semble avoir certains pouvoirs psychiques : il est capable de donner des détails précis des meurtres et peut prévoir l'endroit où seront retrouvées les futures victimes...