Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Après la mort du prisonnier Napoleon « Neech » Manley sur la chaise électrique, un garde est retrouvé mort dans la cellule qu'il avait occupée pendant onze ans. Convaincu qu'il se réincarnerait, Neech avait laissé une liste de cinq personnes desquelles il voulait absolument se venger et dont un autre condamné est en possession. Mais ce dernier propose de ne donner les noms qu'à condition d'être transféré dans une autre prison, ce que le directeur refuse...