Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un homme tronc manipule par son esprit des militaires. Il les empêche de se suicider après avoir tué toute leur famille, dans le but de les voir souffrir. Défiant le protocole militaire qui suspend leur enquête, Mulder et Scully tentent de retrouver l'identité du soldat fantôme plusieurs fois apparu aux victimes, mais l'esprit, qui réussit à prendre des formes diverses, tue un à un les principaux témoins...
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