Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Lucy Householder a été enlevée lorsqu'elle avait 8 ans et retrouvée indemne cinq ans plus tard. Alors que son kidnappeur court toujours, elle se retrouve en liaison psychique avec une jeune fille, Amy Jacobs, qui vient d'être enlevée à son tour et est retenue prisonnière dans une oubliette. Lorsque Mulder se penche sur l'enquête et retrouve le potentiel agresseur d'Amy, le photographe scolaire, Lucy le reconnaît immédiatement...